Akciğerin enfeksiyonuna neden olan mikrobiyolojik ajanın tespit edilmesi ve bu ajana yönelik etkin antibiyotiğin saptanması amacıyla istenilir. Zatürre, bronşektazi, kronik bronşit, abse gibi enfeksiyon hastalıklarının tanısı ve tedavisinin yönlendirilmesinde kullanılır.

Tüberküloz, akciğerin mantar hastalıkları gibi daha nadir akciğer enfeksiyonlarında farklı kültür teknikleri kullanılır.